La educación en valores es una de las bases fundamentales sobre los que se apoya la labor de Fe y Alegría. El reconocimiento de la dignidad de la persona y su desarrollo integral son las dos grandes dimensiones de las que parte la educación en valores. La educación en valores es transversal a Fe y Alegría y a su propuesta pedagógica. Desde 2000 la educación en valores hace énfasis en la construcción de ciudadanía, en la formación docente, desde la conciencia crítica respecto a la realidad nacional y local y el ejercicio de los derechos y deberes y la vigilancia ciudadana como actitud responsable en la vida del país.