El Programa Frontera Selva se ejecuta en zonas de frontera de la amazonía peruana como son el Alto Marañón, en el departamento de Amazonas, y la cuenca del río Napo, en el departamento de Loreto. La estrategia del programa tiene como ejes principales el fortalecimiento de las organizaciones y la institucionalidad local, así como la construcción de procesos de concertación entre los actores locales, en estrecho contacto con las organizaciones de base. Las cuatro líneas básicas que sigue el programa son: derechos humanos, equidad de genero y sostenibilidad medioambiental.